Las aguas residuales, al llegar a la depuradora del compacto fosa filtro, primero pasan por el decantador digestor que realiza la sedimentación primaria. Con la sedimentación primaria, se remueven rápidamente los residuos sólidos sedimentables y la materia flotante disminuyendo así la concentración de sólidos suspendidos. También se produce la digestión de fangos, proceso en el que las bacterias anaerobias degradan la materia orgánica, descomponiendo los sólidos. Es decir, es en el decantador digestor, donde tiene lugar la sedimentación y la digestión de la materia orgánica de las aguas residuales de este sistema compacto fosa filtro.
Las aguas claras pasan por el filtro biológico a través de una tubería que distribuye las aguas claras sobre el material filtrante, donde las bacterias aeróbicas siguen depurando el agua de los restos orgánicos y la dejan en óptimas condiciones para su vertido. Se ha realizado así, un proceso de oxidación de la materia orgánica.
